Pada awalnya sebelum terbentuk Kantor Imigrasi Kelas III Ponorogo, Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Jawa Timur mempunyai Unit Pelaksana Teknis (UPT) dalam bidang keimigrasian sebanyak 8 (delapan) UPT Imigrasi dan 1 (satu) UPT Rumah Deteni Imigrasi diantarnya: Kantor Imigrasi Kelas I Khusus Surabaya, Kantor Imigrasi Kelas I Tanjung Perak, Kantor Imigrasi Kelas I Malang, Kantor Imigrasi Kelas II Jember, Kantor Imigrasi Kelas II Blitar, Kantor Imigrasi Kelas II Madiun, Kantor Imigrasi Kelas III Kediri, Kantor Imigrasi Kelas III Pamekasan dan Rumah Deteni Surabaya. Dalam rangka lebih mendekatkan layanan keimigrasian pada masyarakat umum dan untuk merespon permintaan dari pemerintah Kabupaten Ponorogo melalui Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM Jawa Timur mengajukan permohonan pembentukan Kantor Imigrasi di Kabupaten Ponorogo. Pada tanggal 17 Oktober 2014 berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor: M.HH-08.OT.1.02 Tahun 2014 didirikan Kantor Imigrasi Ponorogo. Kantor Imigrasi Ponorogo terbentuk sebagai Kantor Imigrasi Kelas III, dengan wilayah kerja meliputi Kabupaten Ponorogo, Kabupaten Pacitan dan Kabupaten Trenggalek. Wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas III Ponorogo sebelumnya merupakan wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas II Madiun dan Kantor Imigrasi Kelas II Blitar. Kantor Imigrasi Kelas III Ponorogo sebagai unit pelaksana teknis keimigrasian yang mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas pokok dan fungsi Kementerian Hukum dan HAM RI di bidang keimigrasian di wilayah bersangkutan. Kondisi pada saat ini adalah menempati gedung bangunan pinjam pakai selama 5 (Lima) tahun Aset Pemerintah Kabupaten Ponorogo berdasarkan Perjanjian Pinjam Pakai antara Pemerintah Kabupaten Ponorogo dengan Kementerian Hukum dan HAM RI dalam hal ini di wakili oleh Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM Jawa Timur nomor :028/648/405.10/2015/W15.UM.01.0-387 pada tanggal 15 Juni 2015 dimana dalam klausul tersebut Kantor Imigrasi Kelas III Ponorogo berkedudukan di gedung /Kantor yang terletak di jalan H.Ir. Juanda no. 172 Ponorogo.
Pada awal Tahun 2020, Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Ponorogo resmi berpindah ke gedung baru yang beralamatkan di Jalan Sekar Putih Timur, Kelurahan Tonatan, Kecamatan Ponorogo, Kabupaten Ponorogo. Gedung Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Ponorogo memiliki luas bangunan 2278 m² dan berdiri di tanah seluas 6000 m².
Berdasarkan Surat Menteri Pendayagunaan Aparatur Sipil Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor B/1401/M.KT.01/2020 tertanggal 08 Oktober 2020 tentang Usulan Peningkatan Kelas Kantor Imigrasi dan Surat Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.HH-06.OT.01.03 Tahun 2020 tertanggal 23 Oktober 2020 tentang Peningkatan Kelas Kantor Imigrasi, Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Ponorogo mengalami perubahan Nomenklatur menjadi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Ponorogo.
